ALF pradėjo savo veiklą 1990 m. spalio mėn. kaip nepriklausoma nevyriausybinė nepelno organizacija, kurios pagrindinis tikslas buvo remti atviros, demokratinės, pilietinės visuomenės kūrimąsi pereinamuoju laikotarpiu. Šis tikslas išlieka ir šiandien, nors fondo programų spektras, jų prioritetai keičiasi. ALF kasmet aptaria ir apibrėžia savo strategiją, atsižvelgdamas į visuomenės politinių ir socialinių permainų raidą.

ALF misija – puoselėti atvirą visuomenę, siekti įtvirtinti jos idealus ir vertybes valstybės institucijų lygiu, neleisti įsigalėti valdžios ar tiesos monopoliui.

Atviros visuomenės kūrimas – nesibaigiantis procesas, kai dinamiškai kintančioje tikrovėje vienus uždavinius keičia kiti, diskutuojama dėl atviros visuomenės vertybių, ugdomas gebėjimas analitiškai, kritiškai mąstyti, priimti ateities iššūkius. Piliečių telkimasis į organizacijas bei savivalda, veiksmingas asmens teisių gynimas, rinkos ekonomikos įsigalėjimas, demokratinė valdžia ir piliečių dalyvavimas priimant sprendimus, pagarba įstatymams, atvirumas pasaulio kultūrai ir žinijai – tai tik keletas bruožų, apibūdinančių atvirą visuomenę. Stiprindamas šiuos bruožus, ALF per savo švietimo ir mokslo, kultūros, teisės, pilietinių iniciatyvų, viešosios politikos, visuomenės sveikatos, informacijos, leidybos ir kitas programas stengėsi padėti modernizuoti Lietuvos pilietines struktūras. Orientuodamasis į visus šalies regionus, ALF siekė ir siekia sukurti galimybes visuomenei daryti įtaką priimant politinius sprendimus. Įgyvendindamas savo tikslus, ir pats fondas stengiasi išlaikyti veiklos dinamiškumą, greitai reaguoti į naujus iššūkius, išvengti biurokratiškumo, ieškoti partnerių ir bendraminčių savo iniciatyvoms ir programoms įgyvendinti. Įvairiems projektams įgyvendinti per 13 fondo gyvavimo metų skirta per 200 milijonų litų. 

1999-2000 metais buvo reorganizuota fondo struktūra, peržiūrėtos visos programos, pakeistos, susiaurintos ir sukonkretintos fondo veiklos prioritetinės kryptys, numatyta tolesnė raida. Likdamas ištikimas atviros visuomenės, demokratijos, lygių galimybių visiems, pilietinio aktyvumo skatinimo idėjoms, fondas 2000-2003 m. telkė savo veiklą trims pagrindinėms kryptims: pilietinės visuomenės stiprinimas, viešosios politikos formavimas ir informacinės visuomenės plėtra.  Šiuo trijų metų laikotarpiu veikė Švietimo ir mokslo (baigta 2003 m.), Bibliotekų (baigta 2002 m.), Kultūros (baigta 2003 m.), Moterų (baigta 2003 m.), Pilietinių iniciatyvų, Teisės, Visuomenės sveikatos, Informacijos, Leidybos ir kitos programos. Anksčiau vykdytų programų ir projektų pagrindu ALF vienas ar kartu su partneriais įsteigė 22 savarankiškas nevyriausybines organizacijas ar padalinius, įsitraukusius į kitų organizacijų struktūrą (http://www.osf.lt/lt/main/). 2004-2005 m. buvo baigtos Teisės, Informacijos, Leidybos programos.